يضم مركز علوم البحار ستة اقسام علمية يتكون كل قسم منها على العديد من المختبرات في مختلف الأختصاصات. يقوم مركز علوم البحار بوضع خطة علمية تمتد لخمس سنوات تستند على محاور علمية بعيدة الأمد تضم مشاريع استراتيجية تهتم بحل المشاكل المطروحة من قبل المؤسسات والدوائر الخدمية ومشاريع تعاون مع المنظمات الأقليمية والعالمية ومشاريع تعاقدية مع الشركات الأجنبية والمحلية ومشاريع طلبة الدراسات العليا وكذلك عدد كبير من البحوث الأكاديمية الساندة للخطة العلمية. تطلبت أدارة وتوثيق هذه النشاطات العلمية الكثيرة وجود شعبة لأدارة ومتابعة النشاطات العلمية وتطوير الخطط العلمية بما يتناسب والتطور العالمي وخطوات التعاون ومواكبة المعاهد العلمية العالمية والأقليمية. تهتم الشعبة بالعمل على توثيق انجازات مركز علوم البحار. وتشمل على عدة وحدات تتكامل فيما بينها لانجاز الاهداف المرسومة وهي:
الخطةالعلمية: من اهم وظائف هذه الوحدة القيام باعداد الخطة العلمية للمركز من خلال التنسيق بين مقررات اللجان العلمية في الاقسام العلمية ومجلس المركز ومتابعة تنفيذها شهرياً وفصلياً حتى نهاية العام من خلال متابعة نسب الانجاز للابحاث ومتطلباتها كالسفرات الحقلية وغيرها.
النشاطات: تعمل على توثيق كافة نشاطات المركز من خلال التقارير الفصلية والسنوية والنشرات الجدارية.
وحدة الانترنت وصيانة الحاسوب: تهدف الى تقديم خدمات الانترنت الى اقسام المركز كافة بالاضافة الى القيام باعمال صيانة الحواسيب.
مكتبة المركز: تهتم مكتبة المركز بمجالات علوم البحار وخاصةً مواضيع الأحياء البحرية، البيئة البحرية، الجيولوجيا البحرية، الكيمياء البحرية، الفيزياء البحرية، التلوث، علم الأسماك، الفقريات، التغذية، علم البيئة. وتختلف المطبوعات الموجود فيها بين كتب ومجلات علمية وخرائط. ويوجد حاليا في المكتبة من الكتب العربية 1475 ومن الكتب الاجنبية 5336 والدوريات العربية 1112 والدوريات الاجنبية 38246 والمراجع 599، بالاضافة الى الكتب الخاصة بشط العرب التي تضم 488 كتاب و 396 اطروحة و4742 تقرير.
الموقع الالكتروني: يهتم بنشر كافة المعلومات والنشاطات العلمية والادراية لمركز علوم البحار.
وحدة الاعلام: تهتم وحدة الاعلام بتوثيق كافة نشاطات المركز وذلك من خلال القيام بالتغطية الاعلامية السمعية والمرئية بالاضافة الى عمل التصاميم والاعلانات.