مختبر الرسوبيات البحرية
يهتم المختبر بدراسة الرسوبيات البحرية وانواعها في منطقة الخليج العربي فضلا عن دراسة مدى تأثرها بالرسوبيات الصحراوية من العواصف والغبار والرسوبيات النهرية لشط العرب وقناه شط البصرة وخور الزبير كما تتضمن هذه الدراسات تقييم الرسوبيات وتصنيفها.
مختبر الجيولوجيا الهندسية
يهتم هذا المختبر بدراسة وتحليل الخصائص الفيزيائية والميكانيكية لمواد الأرض ويشمل مجموعة من الأجهزة والعدد المتخصصة في اخذ النماذج المخلخلة وغير المخلخلة موقعيا واجراء الفحوص الفيزيائية والميكانيكية عليها مختبريا، ويعد من المختبرات الفعالة في اجراء تحليلات الهندسية للمواد الارضية إلى معظم المؤسسات الرسمية والخاصة.
مختبر التحسس النائي
مختبر تم استحداثه مؤخرا للحاجة الماسة لتزويد الباحثين بالمعلومات والدراسات الارضية وذلك من خلال تحليل وتفسير الصور الجوية والفضائية المتوفرة عن منطقة الدراسة ويسعى إلى تطوير العلاقات والخبرات الفنية في مجال الاستشعار عن بعد عن الدول المجاورة.
مختبر الصخور والمعادن
يخدم هذا المختبر في تحليل السحنات الصخرية للشرائح الصخرية وهو في قيد التحديث لتجهيزه بمجموعة من الاجهزة المتخصصة في تحليل الصخور والمعادن ويحوي المختبر على مجموعة من المجاهر يشمل بعضها على مجاهر مستقطبة لتحليل الشرائح لاسيما طلبة الدراسات العليا.
مختبر الجيوكيمياء البحرية
يهتم المختبر بدراسة وتحليل الرواسب القاعية وتحت القاعية الحديثة وملوثات الرواسب وهو في طور التحديث. ويستخدم الأجهزة والمعدات الحديثة في التحليلات الجيوكيميائية.
مختبر الجيوفيزياء البحرية
يهتم هذا المختبر بعمل المسوحات الجيوفيزيائية الشاملة والتفصيلية لدراسة التركيب العام لمنطقة الخليج العربي وخليج عمان باستخدام طرق الاستكشاف الجيوفيزيائية (الموجات الصوتية في المياه, زلزالية، جذبية، مغناطيسية، كهربائية وغيرها).
مختبر الهيدرولوجيا
يُعنى هذا المختبر بدراسة توزيع وحركة ونوعية المياه البحرية والمياه السطحية والجوفية ومياه الأنهار والمسطحات المائية الداخلية وأعداد الدراسات للمنشآت المائية. ومستقبلا في إجراء الدراسات البحثية في مجال هندسة المياه.
ويساهم أيضا في خدمة المجتمع من خلال تقديم الاستشارات وإجراء الدراسات المختلفة.