مختبر الخصائص الفيزيائية
يتم جمع النماذج من مياه شط العرب، لغرض قياس ملوحتها، باستخدام جهاز جامع العينات القلاب بجهاز (Reversing Water sampler) Model:1506، ولأعماق مختلفة من عمود الماء (المنتصف والقاع)، وتجمع العينات في قناني بلاستيكية. وقياس سرعة التيار بجهاز (Currentmeter) Model:CM-2.Echo Sounder. ويتم قياس مستويات الأس الهيدروجيني والتوصيلية الكهربائية ودرجتي حرارة الماء والهواء حقليا بواسطة جهاز temperature field meter)(pH-Model:CC-411. وقياس ملوحة المياه (Salinity) (بالغرام/ لتر) باستخدام قياس جهاز الملوحة المختبري (DigtalSalinomete) OSK 3288Model: E-202، واخذت قراءات حقلية للتوصيلية الكهربائيةً (E.C) (بالمليموز/سم)، والمواد الذائبة الكلية (T.D.S) مقدرة (بالغرام/ لتر) بجهاز(YSI) Model: 556 Multi-Probe System (MPS).
مختبر المناخ البحري
يحتوي هذا المختبر على اجهزه الانواء الجويه البحريه والتي بواسطتها يتم قياس العناصر الجويه البحريه درجة الحرارة للهواء والماء الرطوبه النسبيه والضغط الجوي وقياس الامطار وسرعة واتجاه الرياح وجميع العناصر الجويه الاخرى.
مختبر المعلومات
يهدف المختبر لتجميع بيانات حول البيئة البحرية (الملوحة والحرارة والتوصيلية) وبيانات مناخية لسنوات سابقة وتبويبها، كما يتم استخدام بعض البرامجيات لمعالجة هذه البيانات لتكون قاعدة بيانات للباحثين في القسم.
مختبر المسح الهيدرولكس
يتم تنفيذ المسوحات الهيدروكرافية لقياس الأعماق وشكل القاع للمسطحات المائية (المصبات والأخوار والأهوار) وكذلك المد والجزر لأيجاد المناسيب المدية للمياه البحرية العراقية وكما يهتم بالمراقبة للتغيرات في شكل القاع (جهازسايد سكانر).
مختبر التلوث الأشعاعي
يهتم بدراسة التراكيز للعناصر المشعة في البيئة البحرية والسواحل العراقية والأنهار.