مختبر التلوث الاشعاعي : أحد المختبرات الحديثة التابعة للقسم وقد أنشأ بدعم من الوكالة الدولية للطاقة الذرية IAEA يهتم المختبر بقياس النشاط الاشعاعي في البيئة البحرية وشمل المياه والرواسب والاحياء . يعمل في المختبر طاقم يحمل هذا التخصص . يتوفر في المختبر حاليا بعض الاجهزة مثل عداد الوميض السائل Liqued Santilation وافران حرارية وجهاز ال تقطير الثنائي واجزة جمع العينات القاعية.
مختبر المناخ البحري: يهتم المختبر برصد العناصر المناخية (بشكل ثابت وحقلي) بمحطة قياس الكترونية نوع Andeara ،ورصد الظواهر الجوية الطارئة، فضلا عن قياس ملوثات الهواء باجهزة جمع عينات الهواء، ويقوم المختبر بتسجيل القراءات المناخية من المصادر العلمية (لسنوات متعددة) لتوفير قاعدة بيانات حول الوضع المناخي والتغير المناخي.
مختبر المسح الهايدروغرافي:
يهتم المختبر بأجراء المسوحات الهيدروغرافية للخليج العربي بالإضافة الى الممرات المائية المرتبطة به وتقديم خرائط منسوية الى (chart datum). كما يقوم باجراء قياسات التذبذبات في مستوى الماء في مناطق متفرقة في المياه العراقية وتحليلها هارمونياً لتحديد مناسيب المد. يحتوي المختبر على اجهزة المسح (DGPS) ومن نوع Trimble 5700 وكذلك أجهزة مسح الاعماق (مسبار الصدى) من نوع odom بالاضافة الى البرمجيات المستخدمة في عمليات المسح من نوع Navy program. وكما يحتوي المختبر على اجهزة مقياس المد (Tide gauge) .
ساهم القسم من خلال هذا المختبر بتنفيذ العديد من المشاريع التعاقدية من اهمها مشروع (خط الاساس للبحر الاقليمي العراقي ) وكذلك مشروع (المسح الطوبوغرافي والباثيمتري لشط العرب ) ومشروع (دراسة هيدروغرافية لميناء الفاو الكبير )
4- مختبر الخصائص الفيزياوية
يهدف المختبر الى قياس ومراقبة الخصائص الفيزياوية لمياه شط العرب والمياه البحرية العراقية والمسطحات المائية الداخلية كالخيران والاهوار. كما يقوم المختبر بتدريب طلبة بعض الكليات المعنية بعلوم البحار على كيفية اخذ النماذج الحقلية وتحليلها. يحتوي المختبر على العديد من اجهزة القياس الحقلي لجهاز اخذ العينات المائية القلاب (Water Sampler) نوع T. S. K. وجهاز قياس الملوحة والحرارة salinity and Temperature indicator وجهاز Hultimter لقياس الدالة الحامضية والتوصيلية ودرجة الحرارة والعكورة والاملاح المذابة الكلية كما يحتوي المختبرعلى اجهزة مختبرية لجهاز قياس الملوحة المختبري Digital Salinometer E – 202 .ساهم المختبر في العديد من المشاريع التعاقدية كاشتراكه في مشروع ميناء البصرة الكبير خلال عام 2005 ، كما نفذ المختبر مشروع مراقبة المتغيرات الفيزياوية لمياه شط العرب منذ عام 2004 ولغاية اليوم. قدم المختبر خدماته الحقلية والمختبرية للعديد من طلبة الدراسات العليا في الجامعة.