يهدف توثيق إحصائيات الأسماك البحرية المنزلة في الفاو ومتابعة التغيرات السنوية في كمياتها. وتقييم المخزون السمكي في المياه الداخلية (الأنهار والأهوار والمصبات) والبحرية (خور الزبير وخورعبدالله والمياه البحرية العراقية) للأنواع التي تشكل جزءا من مصايد الأسماك العراقية. وأعداد الدراسات بالأنواع المهاجرة والتي تعد رصيدا مشتركا مع المعايير الإقليمية في البلدان المجاورة مثل الصبور والزبيدي. وأثر العوامل الأقيوغرافية على المصايد العراقية في شمال غرب الخليج العربي. التنوع الحياتي للمجموعة السمكية في المياه الداخلية والمياه الإقليمية العراقية.
2-مختبر البيئـة والهائمات السمكية.
يهدف أجراء التجارب المختبرية الخاصة بتأثير العوامل البيئية على نمو وبقاء يرقات ويافعات الأسماك. ودراسة بيئة تجمعات يرقات الأسماك في المياه الداخلية والبحرية العراقية. والتقييم الحياتي لبيئة المياه الداخلية والبحرية العراقية.
3-مختبر الأمراض والطفيليات
يهدف الى دراسة الطفيليات في اسماك المياه العذبة والمالحة. ودراسة طفيليات بعض الفقريات غير الأسماك كالطيور. ودراسة الأمراض في المفاقس ومزارع الأسماك. الدراسات النسيجية المرضية. أستخدام الطفيليات كمؤشرات بيئية للتلوث.
4-مختبر الحياتية وتصنيف الاسماك
يهدف الى متابعة الدورات الحياتية لمختلف أنواع الأسماك العراقية. تدقيق التصنيف العلمي للأنواع. متابعة حياتية الأسماك المسنخدمة للتكثير الأصطناعي. متابعة الأطوار اليرقية وحياتية الأطوار الأولى وأصبعيات الأسماك المستزرعة. متابعة هجرة الأسماك العراقية في المحافظة. متابعة مناطق التكاثر ومواسم التكاثر للأنواع العراقية.
5-مختبر التحليلات الكيميائية
أجراء التحليلات الكيميائية للعلائق والأسماك. وتصنيع المركزات البروتينية باستخدام طرق مختلفة. واجراء الأختبارات الخاصة بالعلائق. وتصنيع منجات سمكية والتقييم الحسي لها.
6-مختبر الامراض الانتقالية وصحة الاهوار
يهدف الى دراسة وبائية الأمراض الطفيلية من خلال معرفة شدة ونسب الإصابة . ودراسة الأمراض الانتقالية بين الإنسان والحيوان والإحياء الفقرية المائية ودور كل منها في نقل الإصابة. ودراسة التأثيرات المناعية والتغيرات الدموية التي تسببها الإصابة بالطفيليات. ودراسة التغيرات المرضية النسيجية التي تتركها تلك الطفيليات على الأعضاء المصابة للإنسان والحيوان. وإصابة الأسماك والطيور تلعبا دورا مهما في نقل الإصابة إلى الإنسان واللبائن الأخرى وقد تكون مصدر خطر يهدد صحة الإنسان . والحد والتقليل من الإصابة بالطفيليات عن طريق استخدام التقنيات الحيوية لعزل المواد الفعالة والعلاجية من المستخلصات النباتية.
7-مختبر الامن الاحيائي للثروة السمكية
يهدف الى التعريف بالاسس الفنية والعلمية الصحيحة لانشاء مشاريع الاستزراع السمكي لتجنب المشاكل الصحية. ونشر الوعي الصحي لتلافي انتقال وتفش الامراض. وحماية الثروة السمكية من خلال مكافحة الامراض الوبائية والمعدية والمستوطنة والوافدة بصفة دورية. وتشخيص وتوثيق المشاكل الحالية والمستجدة التي تواجه هذا القطاع. وتفعيل دور المؤسسة الاكاديمية في اسناد الدوائر ذات العلاقة وتقديم خدمة مجتمعية.
8-مختبر التغذية والاعلاف
يهدف الى اجراء التحليلات المختبرية لمعرفة تغذية الاسماك واجراء بعض الفحوصات المختبرية على انواع الاسماك لمعرفة تغذيتها.
مفقس مركز علوم البحار
يهدف الى التكثير الصناعي لمختلف الأسماك المحلية وإجراء عمليات انتخاب بين الأسماك المكثرة صناعيا بغية الحصول على أمهات ذات مواصفات وراثية عالية. وإجراء دراسات جنينية مظهرية ونسيجية للأسماك المكثرة صناعيا ومتابعة تطورها الجنيني. وتربية اليرقات الناتجة حتى الوصول الى حجم الاصبعيات بغية إطلاقها في المياه الطبيعية لتعزيز المخزون السمكي ورفد مزارعي الاسماك. وتربية الهجن الناتجة من التضريب ومتابعة نموها لأجل الوصول إلى أفضل هجن من ناحية النمو. وتكثير الطيور المائية مع دراسة التطور الجنيني والنسيجي عليها.
محطة الاستزراع المائي
يهدف الى تسهيل عملية انجاز البحوث العلمية للمركز ولطلبة الدراسات العليا في الجامعة وتنمية الاسماك سواء كانت مدخلة او وطنية بعد انتاجها في مفقس مركز علوم البحار وتدرجها من مرحلة اليرقات الى مرحلة الاصبعيات لغرض اطلاقها في الساحة الطبيعية.
