يعد قسم الفقريات البحرية احد الأقسام العلمية الرئيسة في مركز علوم البحار اذ يشتمل على عدد من المختبرات البحثية المتخصصة في مجال دراسة الأسماك العراقية النهرية والبحرية منها على وجه الخصوص وهو من الاقسام العلمية التطبيقية اذ يرتبط به العديد من المرافق الـعلمية التطبيقية تتمثل بمحطة الاستزراع والمفقس واحواض التربية ومعمل الاعلاف.
تأسس قسم الفقريات البحرية عام (1976) وباشرت كوادره بالبحوث العلمية منذ ذلك الوقت . يهدف قسم الفقريات إلى القيام بدراسات مستفيضة ومتكاملة عن البيئة البحرية العراقية وبيئة المياه الداخلية العذبة المتمثلة ببيئة الاهوار وشط العرب وشط البصره متضمنا دراسة حياتية الأسماك والامراض التي تصيبها كذلك تقنية استزراع وتربية وتكاثر الأسماك ودراسة التجمعات السمكية وتقييم المخزون السمكي وتاثير التلوث والصيد البحري , كما يقوم القسم بتهيئة الكوادر العلمية .
